Pendidikan komputer di Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar dijalankan oleh suatu lembaga iaitu "Lembaga Pendidikan Komputer Wali Songo (LPKWS) "di mana melalui lembaga ini para santri mendapatkan pengetahuan dan kemahiran asas tentang komputer dan Internet.

Di samping pendidikan komputer , kepada santri-santri juga diharuskan untuk menguasai beberapa bahasa asing yang menjadi prasyarat mutlak untuk pembangunan kemampuan ilmiah mereka. Dalam hal pendidikan bahasa ini, di samping dilaksanakan melalui pendidikan kurikuler di kelas; juga dibuat "Makmal Hidup" dengan memerlukan setiap santri untuk menggunakan bahasa-bahasa asing tersebut menjadi bahasa percakapan sehari-hari. Dengan demikian akan tercipta persekitaran berbahasa yang menjadikan bahasa-bahasa asing tersebut menjadi bahasa ibu. Melalui cara inilah kemampuan berbahasa dapat dikembangkan dengan mudah. Sarana pendidikan bahasa asing yang masih sangat diharapkan untuk dimiliki adalah "Laboratorium Bahasa" yang mencukupi. Bahasa asing yang sangat ditekankan untuk dikuasai oleh santri-santri Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar adalah:

1. Bahasa wajib untuk setiap santri: Bahasa Arab dan Bahasa Inggeris.
2. Bahasa penunjang dan bersifat elektif bagi santri iaitu: Bahasa Jerman dan (sedang diusahakan) Bahasa Jepun.